Los micro observatorios son herramientas valiosas que se han establecido alrededor del mundo para tener acceso a información sistematizada sobre las comunidades microbianas. A pesar de esto, en América Latina se encuentran pocos observatorios que contemplen estudios a largo plazo, debido principalmente a la dificultad de mantener la infraestructura necesaria para este tipo de actividades. En este sentido, nuestro objetivo es crear un conjunto de observatorios para (I) evaluar cómo el impacto antrópico y los factores climáticos en un gradiente latitudinal afectan la dinámica de la comunidad microbiana a nivel continental; (II) estandarizar los métodos de recolección para que los datos de cada sitio sean comparables con los demás; (III) crear una plataforma web donde se puedan mostrar los cambios temporales de la dinámica microbiana a través de un enfoque que trascienda lo académico (i.e. mapas interactivos, productos específicos simples) y que se encuentre dirigido a la población general, a la comunidad educativa y a las organizaciones sociales. Los muestreos de los micro observatorios contemplan una frecuencia mínima bimestral, en la capa superficial de la columna de agua (eufótica), y la medición de parámetros sencillos que faciliten la continuidad a largo plazo. Hasta el momento, se han establecido trece observatorios con sus correspondientes sitios de muestreo a lo largo de Latinoamérica. En la selección de los sitios se ha tenido en cuenta además la accesibilidad a los mismos para lograr la continuidad de los muestreos. Estos sitios serán reevaluados en base a las dificultades encontradas durante la fase de consolidación.