Observatórios microbianos são ferramentas poderosas e vem sendo criados ao redor do mundo para facilitar que cientistas tenham acesso a informações temporais sistematizadas a respeito de comunidades microbianas. Apesar disso, poucos observatórios de longa duração podem ser encontrados na América Latina, principalmente pela dificuldade em manter a infraestrutura necessária a este tipo de atividade. Assim, nosso objetivo é criar observatórios para (I) avaliar como os impactos antrópicos e fatores climáticos em um gradiente latitudinal afetam as dinâmicas de comunidades microbianas em um nível continental; (II) criar métodos de coleta estandardizados para que os dados coletados em diferentes sítios sejam comparáveis; (III) criar uma plataforma web que permita mostrar as variações temporais das dinâmicas microbianas de uma forma não científica (mapas interativos, produtos simples e específicos), voltado para a população em geral, educação e organizações sociais. Os observatórios microbianos devem ser amostrados pelo menos bimensalmente, durante a segunda metade dos meses ímpares, pela manhã, na camada superficial da coluna d’água (zona fótica) e utilizando parâmetros fáceis de mensurar para facilitar a obtenção de uma série de longa duração. Até o momento, foram estabelecidos trinta observatórios distribuídos sobre a américa latina. Nós procuramos por sítios de fácil acesso e com compromisso de longo prazo visando garantir a continuidade do observatório. Estes sítios serão reavaliados com base nas facilidades/dificuldades encontradas até chegar a uma fase de consolidação.